Zwischen
1839 und 1849 wurden verschiedene Strecken zu den
Nachbarstädten eröffnet. Jede
Bahngesellschaft hatte, wie damals üblich, ihren eigenen Bahnhof in Magdeburg.
Umfangreiche Aufschüttungen zur Elbe machten eine Ausdehnung der Bahnanlagen
schwierig und teuer. 1871 einigten sich die Berlin-Potsdam-Magdeburger und die Madgeburg-Halberstädter Eisenbahngesellschaft auf den Bau eines "Centralbahnhofes".
Das Empfangsgebäude wurde auf der Stelle des heutigen Inselbahnhofs errichtet.
Das Empfangsgebäude zur Stadtseite wurde erst 1882 fertig gestellt. Damit gehört
der Magdeburger Bahnhof zu den wenigen, die über zwei Empfangsgebäude verfügen.
Die Bahnsteige zwischen den Empfangsgebäuden wurden durch eine Bahnsteighalle
überspannt. Güteranlagen wurden an der Ost- und Westseite des Bahnhofs gebaut.
Dieser Umstand führte im laufe der Zeit immer wieder zu Engpässen, auch im
Personenverkehr. Die Bauarbeiten am Bahnhof wurden 1874 beendet. 1910 begann die
Elektrifizierung. 1945 wurde der Bahnhof durch einen Bombenangriff zerstört.
1946 wurde der
Bahnhof instand gesetzt. Der Inselbahnhof wurde 1961/62 neu errichtet. Es wurde
als Verwaltungsgebäude genutzt. Erst 1956 konnten wieder elektrische Züge
fahren. 1984 wurden umfangreiche Umbaumaßnahmen durchgeführt. 1990 wurde eine
S-Bahnlinie eröffnet. 1992 wurden an den Bahnsteigen umbauten für den
ICE-Betrieb begonnen.